基础医学是一个综合性的学科，它主要研究人体的正常结构与功能、疾病的发生发展机制以及预防和治疗疾病的基本原理。广州医科大学基础医学学科经过多年发展，逐渐形成了较为完善的学科体系，2013年病理学与病理生理学被评为省级重点学科（特色重点学科），2018年基础医学入选广东省高等教育“冲一流、补短板、强特色”提升计划重点建设学科，2019年获批为广州市教育局重点学科。与学科密切相关的临床医学、神经科学与行为学、微生物学、分子生物学与遗传学等8个学科均已进入ESI学科排名全球前1%。

学科于2011年获得一级学科硕士学位授权点，2018年获得一级学科博士学位授权点。2022年基础医学本科专业开始首届招生，并创新性地构建了“5+X”一体化拔尖创新人才培养模式。目前拥有海内外高层次人才近50人，其中教育部人才/国家优青/突出贡献专家等国家级人才11人次、省级人才30人次、广州市人才56人次。

学科以“双一流”建设目标为导向，依托广东省蛋白质修饰与降解重点实验室、天然免疫机理研究学科创新引智基地（111基地）等科研平台，开展以临床疾病为导向的医学基础研究，主要研究领域包括呼吸疾病基础、蛋白质修饰与疾病、感染与免疫、肿瘤学基础、血管疾病、神经退行性机制等。

近五年，承担了包括科技部重点专项、国家原创探索计划在内的300余项科研项目，总经费近亿元。研究成果发表在Nature、Cell、Nature Cell Biology等国际权威学术期刊上，600余篇研究论文被SCI收录。中法霍夫曼免疫研究所焦仁杰教授牵头建设的广州果蝇变体资源库已有超过10000株果蝇品系，覆盖超4000个基因，约占果蝇全部基因数目的30%。