药学是一门研究药物及其应用的综合性学科，涉及药物的发现、开发、生产、质量控制、合理使用及管理等多个环节。广州医科大学药学学科坚持以表观遗传调控药物研发为核心，确立了教学、科研、转化“三位一体”的创新模式，形成了我国独特的胸腔疾病表观遗传调控药物研发新体系。2017年获批广东省优势重点学科，2018年入选广东省“冲一流”提升计划重点建设学科。药学相关的三个学科均已进入ESI全球前1%，在软科世界一流学科排名中，2022年位居全球第78位，2023年位居全球第57位，国内排名连续两年均为前10。药学院目前是中国药理学会副理事长单位。

1984年获批药理学二级硕士点，2011年获批临床药理学二级博士点。2003年开办药学本科专业，目前拥有在校本科生760人，硕博研究生432人、在站博士后48人。创办了“药学卓越班”（30人/年）、“临床药师卓越班”（15人/年），拥有国家一流专业2个（药学、临床药学），国家一流课程4门，省级一流课程15门。近年来，药学专业本科生的境内外升学率达65%，临床药学专业境内外升学率达50%。

药学学科方向涵盖了全部药学二级学科方向。在此基础上，重点建设药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、临床药学五个二级学科，并形成了独特学科交叉运作模式，包括胸腔疾病系统交叉、药物生物科学交叉、人工智能药学交叉，在抗感染性药物、抗纤维化药物、抗代谢病药物、抗肿瘤类药物等研究领域取得显著成绩。

现有药学硕士生导师155人（其中学硕导师102名），博士生导师46人，包括发达国家科学院院士、国务院特贴专家、国家级学会副理事长/主委、国家优秀教师、海外优青、南粤优秀教育工作者、南粤优秀教师、省杰青、珠江学者等高层次人才20余人，斯坦福全球前2%顶尖科学家榜单入选者7名。

拥有科教平台17500多平方米，仪器设备总值1.54亿元。获批10个省级或以上高水平科研平台，并成为呼吸疾病全国重点实验室的重要组成部分、广州国家实验室的药物研发共建单位。药学专业拥有30余家实践教学基地，临床药学专业拥有15家附属医院实践教学基地，其中包含了5个省级联合培养研究生示范基地、1个省级科产教融合实践教学基地。

近五年发表高水平论文697篇，获批国内外发明专利近60项，荣获省部级成果奖23项，科研总经费达1.98亿元。出版了国内第一本该领域的学术专著《表观遗传药理学》并获广东省研究生教育优秀教学成果奖。2016年至今共举办了九届“表观遗传与生物医药研发国际学术会议”。牵头完成“肺炎2号”新药I期临床试验为新冠危重病人的抢救做出了重要贡献。参与广州国家实验室研发的全球首个靶向3CLpro的抗新冠药来瑞特韦（原创1类新药），并实现规模化量产。抗慢性炎症新药AD16正在开展Ⅱ期临床试验。通过融入社会资本创建了国家大学科技园澳源园区和广州医大新药创制有限公司，同时建设了华南地区最大的“新会陈皮”中药基地。