临床医学是以疾病诊断、治疗和预防为核心，整合基础医学理论与临床实践的应用型学科。广州医科大学临床医学学科由中国工程院院士钟南山领衔，是国家“双一流”建设学科、广东省攀峰重点学科、广东省高等教育“冲一流、补短板、强特色”提升计划首批“冲一流”学科，现居ESI学科排名全球前1‰。

学科门类齐全。涵盖临床医学全部二级方向，主要研究方向包括呼吸与危重症医学、感染病学、免疫学与变态反应学、神经病学与精神病学、生殖医学与妇产科学、儿科学、胸外科学、泌尿外科学、肿瘤学等。目前拥有一级学科博士学位授权点、专业博士学位授权点，2003年设立临床医学博士后流动站，2020年获评首批国家级一流本科专业建设点。

科研条件完善。建有4个国家级科研平台、29个省部级科研平台，以学校的15所附属医院及其31个国家临床重点专科、130个省（部）级重点专科作为支撑，为人才培养、科学研究提供有力支撑。

学科队伍结构合理。现有高层次人才114人，其中：共和国勋章获得者1人、两院院士1人、全国模范教师1人、全国杰出医师2人、全国优秀青年医师1人。3人荣登2024年度全球“高被引科学家”名单，上榜人数位居国内独立建制医学院校第2位。

学科成绩突出。在复旦排行榜上，呼吸科连续十五年排名全国第一，变态反应、胸外科、小儿外科排名全国第五，精神医学、小儿内科排名全国第七，罕见病排名全国第八。教学成果荣获国家教学成果奖二等奖。科技成果入选中国高等学校十大科技进展2项，国内十大科技新闻1项，荣获国家科技进步奖创新团队奖1项、二等奖3项。钟南山院士团队牵头研发了国际首款无需联用利托那韦的拟肽类3CL蛋白靶点新冠治疗药物、拥有全球自主知识产权的原创I类新药—来瑞特韦片。联合广州国家实验室研发了国内首个获批临床的用于治疗甲型流感的小分子RNA聚合酶抑制剂—昂拉地韦片。

社会服务能力持续提高。附属第一医院牵头建设国家呼吸医学中心、入选国家疑难病症诊治能力提升工程和国家重大疫情救治中心，附属妇女儿童医疗中心牵头建设国家儿童区域医疗中心（中南）。附属第一医院娄底医院、附属第一医院横琴医院、附属妇女儿童医疗中心柳州医院入选国家区域医疗中心建设项目。